Urodzony 21 września 1948 roku na Podlasiu. Święcenia kapłańskie otrzymał z rąk Jego Eminencji Stefana Kardynała Wyszyńskiego 15 czerwca 1975 r. Wikariusz w parafiach: p.w. Św. Wojciecha w Wiązownie (1975 – 1979), p. w. Matki Bożej Różańcowej w Warszawie (Bródno). Przez czternaście lat (1984 – 1998) duszpasterz akademicki, rektor Kościoła Akademickiego Św. Anny w Warszawie, przez dwanaście lat (1986 – 1998) kierownik Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymki Metropolitalnej (dawniej – Diecezjalnej); twórca Drogi Krzyżowej ulicami warszawskiej Starówki w Wielki Piątek; założyciel fundacji: „PRO BONO”, „BONUM” oraz fundacji im. Księdza Jerzego Popiełuszki. Współfundator Fundacji Academia Iuris. Przez wiele lat sekretarz Komisji Episkopatu ds. Duszpasterstwa Akademickiego.
Twórca programów duchowych Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymki Metropolitalnej wydawanych w formie oddzielnych publikacji: „Ku dojrzałej wierze” (z ks. Ryszardem Moniem, 1991), „Kościół znakiem Chrystusa” (z ks. Januszem Strojnym, 1992), „Być chrześcijaninem” (z ks. Ryszardem Moniem, 1995), „Być człowiekiem sumienia” (1996), „Być z Chrystusem” (1997), „Żyć z Duchem Świętym” (z ks. Ryszardem Moniem, 1998).
Autor książki autobiograficznej „Na służbie u Św. Anny” (1998). Redaktor naczelny pracy zbiorowej: „Ku Jasnej Górze z WAPM. O Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymce Metropolitalnej” (1998).
W ciągu dwunastu lat sprawowania funkcji proboszcza parafii Św. Stanisława Kostki ks. Zygmunt Malacki przebudował prezbiterium świątyni, czyniąc je bardziej funkcjonalnym, zakończył budowę Domu Pielgrzyma „Amicus” im. Sługi Bożej Ks. Jerzego Popiełuszki. Wraz z zespołem współpracowników stworzył Muzeum Sługi Bożego ks. Jerzego Popiełuszki. Duszpasterz rajców i środowiska ludzi pracy. Obecnie piastuje również godność Dziekana Dekanatu Żoliborskiego.
Najszczęśliwszy jest w górach. Uwielbia tatrzańskie szlaki. Zorganizował i prowadził w Tatrach kilkadziesiąt obozów dla młodzieży licealnej i studentów. Wraz ze swoimi wychowankami postawił krzyż papieski na Przysłopie Miętusim w Tatrach Zachodnich (w rejonie Doliny Kościeliskiej).
(źródło)
Ks. Zygmunt na swej stronie parafialnej miał stałą rubrykę, w której dzielił się swoim słowem z parafianami. Ostatni wpis to podziękowania na zakończenie Mszy św. dziękczynnej za beatyfikację ks. Jerzego 13 czerwca 2010 roku
A oto ostatnie słowa, jakie ks. Zygmunt napisał do mnie:
Drogi Leszku,
bardzo serdecznie dziękuję Ci za te miłe i pełne zrozumienia słowa.
Jestem niezmiernie rad, że wracasz do czasów św. Anny. Były to wspaniałe lata dla mnie, ale może i dla WAS. Bardzo to cieszy.
Wiesz, życie nie stoi w miejscu. Zapewne doskonale wiesz, że życie to nie tylko radości i sukcesy. To także Tajemnica Cierpienia, a jako ludzie wierzący powiemy Tajemnica Krzyża. O tej Tajemnicy jest trudno mówić, ale jeszcze trudniej w Niej uczestniczyć.
Nie byłem świadom, że to moje spontaniczne zachowanie jest rejestrowane przez kamerę. Nie mówiłem o swoim cierpieniu, ale tak jakoś popłyneły łzy. Są one często znakiem bezradności czy zwątpienia. W moim zachowaniu nie wyrażały tego…
Dzięki Bogu, modlitwie bardzo wielu, wielu ludzi i wspaniałym lekarzom trzymam się całkiem nieźle. Prognozy są optymistyczne. Jak będzie? Ważne by nie zmarnować tego czasu, boje się napisać daru. Bo to jakoś tak jest.
Wiesz łzy są nieraz wzruszeniem i moga być radością….
Wystarczy
Jeszcze raz wielkie dzięki.
Niech darzy Cię potrzebnymi łaskami
Wszystkiego co dobre.
Szczęść Boże
Ks. Zygmunt
Pogrzeb Księdza Prałata Zygmunta Malackiego odbędzie się w Niedzielę Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, 15 sierpnia 2010 r.
Uroczystości rozpoczną się o godzinie 14.00 przed kościołem św. Stanisława Kostki.
Po Mszy św. Ksiądz Proboszcz spocznie w miejscu, które gorąco ukochał i któremu całym sercem służył przez ostatnie lata – obok żoliborskiego kościoła i grobu Błogosławionego ks. Jerzego Popiełuszki.
W sobotę 14 sierpnia 2010 r. w godzinach wieczornych trumna z ciałem naszego Księdza Proboszcza wystawiona zostanie w bocznej kaplicy kościoła.